Als langebaanschaatster was Yvonne Nauta specialist op de langere afstanden, de 3.000 en de 5.000 meter. In 2014 eindigde ze als zesde op de 5.000 van de Olympische spelen in Sotsji. In datzelfde jaar werd Yvonne ook Nederlands kampioen allround en pakt ze het brons op de WK Allround.
In het seizoen 2017/2018 maakte ze de overstap naar het team LottoNL-Jumbo van Jac Orie, maar tijdens een training liep Yvonne een gecompliceerde beenbreuk op. Na een jaar revalideren liep haar contract af en ging ze zich richten op het marathonschaatsen. Ze kwam de afgelopen seizoenen uit voor TeamA6 van Klasina Seinstra.
